主な流域
木曽・飛騨川流域、揖斐川流域、長良川流域、土岐川流域、矢作川流域、宮川（神通川）流域、庄川流域、九頭竜川流域
岐阜地域（岐阜市 羽島市 各務原市 山県市 瑞穂市 本巣市 岐南町 笠松町 北方町）
西濃地域（大垣市 海津市 養老町 垂井町 関ケ原町 神戸町 輪之内町 安八町 揖斐川町 大野町 池田町）
中濃地域（関市 美濃市 美濃加茂市 可児市 郡上市 坂祝町 富加町 川辺町 七宗町 八百津町 白川町 東白川村 御嵩町）
東濃地域（瑞浪市 多治見市 中津川市 恵那市 土岐市）
飛騨地域（高山市 飛騨市 下呂市 白川村）
岐阜地域
岐阜市
長良川、境川、荒田川、大江川、犀川、伊自良川、両満川、山田川、津保川、福富川、武儀川、新荒田川、岩戸川、岩地川、論田川、天王川、根尾川、板屋川、早田川、則武川、新堀川、正木川、鷺山川、鳥羽川、新川、石田川、天神川、城田寺川
羽島市
木曽川、長良川、桑原川、大江川、境川
各務原市
木曽川、新境川、境川、三井川
山県市
神崎川、円原川、鳥羽川
瑞穂市
揖斐川、長良川、犀川、天王川、中川、新堀川放水路、新堀川、高野川、新高野川、五六川、起証田川、宝江川、長護寺川、政田川、糸貫川、天王川放水路、平野井川、根尾川
本巣市
根尾川、根尾東谷川、板屋川、糸貫川、天王川、犀川、中川
岐南町
木曽川、長良川、境川、新荒田川、新境川
笠松町
木曽川、長良川、境川・新荒田川、新境川
北方町
天王川、糸貫川、長谷川
西濃地域
大垣市
揖斐川、長良川、杭瀬川、牧田川、水門川、中之江川、新規川、大谷川、相川、菅野川、矢道川、薬師川、泥川、奥川、平野井川、加納川、犀川、藤古川、今須川、赤尾川、東谷川
海津市
木曽川、長良川、揖斐川、福江川 大江川 東大江川 中江川 帆引川 山除川 長除川 田鶴川 三切川 津屋川 大榑川、沢谷川 小屋川 村除川 大榑川
養老町
揖斐川、牧田川、杭瀬川、鮎川、色目川、泥川、津屋川
垂井町
相川、岩手川、泥川、大滝川、薬師川、梅谷川
関ケ原町
相川、藤古川、黒血川、祖父谷川、今須川、須川、大栗毛川
神戸町
揖斐川、根尾川、平野井川、東平野井川、菅野川、加納川、花田川、三水川、奥川、杭瀬川、東川、粕川
輪之内町
長良川、揖斐川、牧田川、大榑川
安八町
揖斐川、長良川、根尾川、犀川、宝江川
揖斐川町
揖斐川、坂内川、日坂川、根尾川、粕川
大野町
揖斐川、根尾川、花田川、三水川
池田町
揖斐川、杭瀬川、東川、深町川、中川、粕川
中濃地域
関市
長良川、板取川、津保川、武儀川、吉田川、小俣川、今川
美濃市
長良川、片知川、板取川、余取川
美濃加茂市
加茂川、大洞川、川浦川、廿屋川
可児市
木曽川、可児川、矢戸川、横市川、姫川、大森川、久々利川、中郷川、瀬田川
郡上市
長良川、吉田川、小駄良川、牛道川、和良川、粥川、、前川、石徹白川、鬼谷川、弓掛川、土京川、入間川、貢間川、いがわ小径
坂祝町
木曽川、加茂川、寿後川
富加町
川浦川、津保川
川辺町
飛騨川、川浦川、雄鳥川、水無瀬川、尾賀野川、飯田川
七宗町
飛騨川、神渕川、葛屋川、葉津川、杉洞川、奥田川、八日市川、間見川
八百津町
木曽川、飛騨川、飯田川
白川町
飛騨川、白川、黒川、柿反川、赤川、佐見川、栃平川、洞山川、稲田川
東白川村
白川、柏本川、西洞川、佐広川、大明神川、新巣川、曲坂川
御嵩町
木曽川、可児川、唐沢川、津橋川、比衣川、真名田川、平芝川、切木川
東濃地域
瑞浪市
木曽川、可児川、津橋川、土岐川、狭間川、万尺川、小里川、萩原川、猿爪川、佐々良木川、中沢川、日吉川、白倉川
多治見市
大原川、笠原川、庄内川、姫川、大原川、市之倉川、生田川、高田川、辛沢川、大沢川、芝草川、平園川、富士下川
中津川市
中津川、木曽川、付知川、阿木川、川上川、後田川、坂本川、千旦林川、四ツ目川、麦搗川、和田川、白川、落合川、柏原川、寺川、飯沼川、山の田川、狩宿川、外洞川、長根川、一之瀬川、柏ヶ根川、松島川、久須田川、横川、島田川、湯舟沢川、木積沢川、牧沢川、前川
恵那市
富田川、中野方川、上村川、小里川、阿木川、岩村川、明智川、永田川、吉田川、藤川、横町川、田違川、沢尻川、千田川、濁川、定蓮寺川、飯羽間川、一色川、於齟齬川、椋実川、久保原川、洞川、阿妻川、大平川、高波川、滝坂川、野志川、荒井川、木之実川、飯田洞川、上村川、田沢川、矢作川、力石川、秋葉洞川、小杉川、源内川、中沢川、才坂川、佐々良木川、丸草川、馬木川
土岐市
妻木川、伊野川、庄内川、肥田川、久尻川、下石川、前の川、裏山川、不動川
飛騨地域
高山市
飛騨川、無数河川、秋神川、八尺川、青屋川、日和田川、幕岩川、馬瀬川、九蔵川、塩蔵川、一色川、庄川、野々俣川、寺河戸川、六厩川、御手洗川、三谷川、町屋川、宮川、苔川、荒城川、川上川、江名子川、大八賀川、宇津江川、瓜巣川、脇谷川、糠塚川、漆谷川、宮谷川、十三墓岐川、桐谷川、小八賀川、大萱谷川、山口谷川、牧谷川、今谷川、大楢谷川、大八賀川、高曽洞川、京塚谷川、山口川、生井川、常泉寺川、小木曽谷川、滝川、川上川、片野川
飛騨市
宮川、荒城川、畦畑川、戸市川、黒内川、太江川、殿川、稲越川、小鳥川、ソンボ谷川、吉田川、高原川、山田川、跡津川、金山谷川
下呂市
馬瀬川、飛騨川、大ケ洞川、竹原川、門和佐川、戸川、菅田川、小坂川、山之口川、大洞川、輪川、乗政川、般若川、カジヤ谷、白山川、神梨川、和良川
白川村
庄川、大白川、宮谷川